โรงเรียนเศรษฐบุตรบำเพ็ญ เป็นโรงเรียนในสังกัดสำนักงานพื้นที่การศึกษา กรุงเทพมหานคร เขต 2 กระทรวงศึกษาธิการ ปัจจุบันตั้งอยู่เลขที่ 313 ถนนรามอินทรา เขตมีนบุรี กรุงเทพมหานคร เดิมชื่อ โรงเรียนวัดแสนแสบ (วัดแสนสุขปัจจุบัน) อำเภอมีนบุรี จังหวัดมีนบุรี เริ่มก่อตั้งเมื่อ พ.ศ. 2453 มีฐานะเป็นโรงเรียนประจำอำเภอมีนบุรี นายพุด จารุวัฒนะ ดำรงตำแหน่งครูใหญ่ และเนื่องจากยังไม่มีอาคารเรียนที่ถาวร จึงต้องอาศัยศาลาการเปรียญของวัดเป็นอาคารเรียน จนกระทั่งภายหลังจากที่ครูใหญ่ได้ถึงแก่กรรม เมื่อปี พ.ศ. 2468 ทางราชการได้แต่งตั้งนายณรงค์ วีริยินทะ ดำรงตำแหน่งครูใหญ่เมื่อวันที่ 10 มกราคม พ.ศ. 2469 นายณรงค์ วีริยินทะ ได้พิจารณาร่วมกับทาง ราชการมีความเห็นว่า โรงเรียนวัดแสนแสบตั้งอยู่ห่างไกลจากตัวเมืองและแหล่ง ชุมชน การคมนาคมไม่สะดวก ต้องเดินลัดตามทุ่งนา หรือเดินทางโดยทางเรือ เพราะยังไม่มีถนนตัดเข้าไปถึงวัดดังเช่นในปัจจุบัน และกอปด้วยอาคารหลังเดิมมีสภาพเก่าชำรุดทรุดโทรมมาก สมควรอย่างยิ่งที่จะก่อสร้างอาคารหลังใหม่โดยให้อยู่ใกล้ย่านชุมชนมากขึ้น จึงได้ติดต่อขอความช่วยเหลือจากนายเลิด เจ้าของบริษัทเรือเมล์ขาว ซึ่งให้บริการรับส่งผู้โดยสารในคลองแสนแสบ ระหว่างกรุงเทพ-ฉะเชิงเทรา ซึ่งท่านเป็นผู้ที่เอาใจใส่ สนใจ และคุณค่าของของการศึกษา ตลอดจนความเป็นอยู่ของเด็กในท้องถิ่น

ในที่สุดนายเลิดได้สละทุนทรัพย์ส่วนตัวบริจาค 7,000 บาท สมทบกับกระทรวงธรรมการ (ปัจจุบันคือกระทรวงศึกษาธิการ) ซึ่งได้อนุมัติเงินให้ดำเนินการก่อสร้างอาคารอีก 4,850 บาท สร้างอาคารเรียนหลังใหม่ขึ้นที่บริเวณตัวจังหวัดมีนบุรี บนเนื้อที่ 3 ไร่เศษ (เยื้องที่ทำการหอทะเบียนและกรมที่ดินมีนบุรี) อันเป็นที่ตั้งของโรงเรียนสตรีเศรษฐบุตรบำเพ็ญ ปัจจุบันอาคารเรียนที่ก่อสร้างขึ้นนี้ มีลักษณะเป็นอาคารไม้ชั้นเดียว ทรงปั้นหยา มุขปิด มุขเปิด ใต้ถุนสูง กว้าง 8 เมตร ยาว 36 เมตร มีจำนวนห้องเรียน 5 ห้อง ทำการก่อสร้างเรียบร้อยและเปิดทำ การสอน เมื่อวันที่ 21 พฤษภาคม พ.ศ. 2471 ทำพิธีเปิดโดย พระวรวงศ์เธอพระองค์เจ้าธานีนิวัต เสนาบดีกระทรวงธรรมการในสมัยนั้น เเละยกฐานะขึ้นเป็นโรงเรียนประจำจังหวัดมีนบุรี (เศรษฐบุตรบำเพ็ญ) เป็นโรงเรียนสหศึกษา ต่อมาเมื่อมีนักเรียนเพิ่มมากขึ้น จึงได้ก่อสร้างเพิ่มเติม ชั้นล่างของอาคารเรียนให้เป็น ห้องเรียนเพิ่มขึ้นอีกเป็น 3-5 ห้อง และได้ขออนุญาติทางราชการขอบริเวณสำหรับกั้นรั้วโรงเรียน เพื่อจะได้มีขอบเขตแน่นอน สะดวกในการควบคุมนักเรียน ตลอดจนเพื่อเป็นการตกแต่สถานที่ให้สวยงามเป็นระเบียบ

ในปี พ.ศ. 2475 ผลกระทบจากภาวะเศรษฐกิจตกต่ำทั่วโลก ทางราชการ ได้ยุบจังหวัดมีนบุรี และรวมอำเภอมีนบุรีไปขึ้นกับจังหวัดพระนคร โรงเรียนประจำจังหวัดมีนบุรี (เศรษฐบุตรบำเพ็ญ) จึงเปลี่ยนชื่อเป็น โรงเรียนเศรษฐบุตรบำเพ็ญ สังกัดแผนกโรงเรียนส่วนกลาง กองโรงเรียนรัฐบาล กรมวิสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ ต่อมาจำนวนนักเรียนเพิ่มมากขึ้นทุกปี ทำให้เนื้อที่บริเวณ โรงเรียนคับแคบ ไม่เพียงพอที่จะก่อสร้างอาคารเพิ่มขึ้นได้อีก ดังนั้น คุณหญิงสิน ภักดีนรเศรษฐ ผู้อุปการะโรงเรียนเศรษฐบุตรบำเพ็ญ จึงได้จัดหาที่ดินเพื่อ ปลูกสร้างอาคารหลังใหม่ขึ้น

ในวันที่ 30 พฤษภาคม พ.ศ. 2493 คุณหญิงสิน ภักดีนรเศรษฐ ได้ซื้อที่ดินจำนวน 32 ไร่ 2 งาน 97 ตารางวา อยู่ริมถนนรามอินทรา ห่างจากโรงเรียนเดิมประมาณ 2 กิโลเมตร เมื่อได้ที่ดินเรียบร้อยแล้ว นายณรงค์ วีริยินทะ ครูใหญ่ ได้ทำรายงานขออนุญาตทางราชการเพื่อทำการก่อสรางอาคารเรียนหลังใหม่บนที่แห่งใหม่

พ.ศ.2496 กระทรวงศึกษาธิการอนุมัติงบประมาณก่อสร้างอาคารเรียนบน ที่ดินแห่งใหม่เป็นอาคารเรียนหลังแรก ชื่ออาคารเลิดสิน อาคารที่ก่อสร้างขึ้นใหม่เป็นตึก 2 ชั้น กว้าง 8 เมตร ยาว 72 เมตร สูง 9.5 เมตร มีจำนวนห้องเรียน 12 ห้องเรียน นอกจากนี้ยังมีห้องครูใหญ่ ห้องรับแขก ห้องพยาบาล และห้องพัสดุ รวมทั้งหมด 18 ห้อง ราคาก่อสร้างทั้งสิ้น 1,650,000 บาท ในจำนวนค่าก่อสร้างนี้คุณหญิงสิน ภักดีนรเศรษฐ ได้บริจาคสมทบ 100,000 บาท (ปัจจุบัน "อาคารเลิดสิน" ได้รื้อไปแล้ว)
พ.ศ.2498 ได้ย้ายนักเรียนชายจากตัวเมืองมีนบุรีออกมาเรียน ณ สถานที่ แห่งใหม่ เมื่อวันที่ 17 พฤษภาคม ใช้ชื่อว่า โรงเรียนเศรษฐบุตรบำเพ็ญ ส่วน สถานที่เดิมรับเฉพาะนักเรียนหญิง โดยใช้ชื่อว่า โรงเรียนสตรีเศรษฐบุตรบำเพ็ญ ผู้มาทำพิธีเปิดอาคารเรียนคือ พลเอกมังกร พรหมโยธี รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการในสมัยนั้น นอกจากก่อสร้างอาคารเรียนดังกล่าวแล้ว ทางโรงเรียนยังได้ก่อสร้าง อาคารเรียนอื่น ๆ เพิ่มขึ้น เพื่อรองรับจำนวนนักเรียนที่เพิ่มมากขึ้นทุกปี รวมถึง การพัฒนาสิ่งแวดล้อมภายในโรงเรียน เพื่อเอื้ออำนวยต่อการสร้างบรรยากาศ การเรียนการสอน ดังรายการต่อไปนี้
พ.ศ.2514 ก่อสร้างอาคารฝึกงาน 1
พ.ศ.2519 ก่อสร้างอาคารฝึกงาน 2 และอาคารเรียนชั่วคราว 4 ห้องเรียน
พ.ศ.2520 ก่อสร้างอาคารเรียนชั่วคราว 8 ห้องเรียน
พ.ศ.2521 กรมสามัญศึกษาอนุมัติงบประมาณให้ก่อสร้างอาคารเรียนแบบ 318 ค. 18 ห้องเรียน 1 หลัง (อาคาร 2)
พ.ศ.2523 ได้รับอนุญาตให้เปิดสอนระดับมัธยมศึกษาตอนปลายแบบ สหศึกษา
พ.ศ.2525 กรมสามัญศึกษาอนุมัติงบประมาณให้ก่อสร้างอาคารเรียนแบบ 318 ค. 18 ห้องเรียน 1 หลัง (อาคาร 3)
พ.ศ.2527 กรมสามัญศึกษาอนุมัติงบประมาณให้ก่อสร้างหอประชุม อเนกประสงค์ชั้นเดียว 1 หลัง และทำคันดินกั้นน้ำนอกโรงเรียน
พ.ศ.2530 กรมสามัญศึกษาอนุมัติงบประมาณให้สร้างอาคารฝึกงาน แบบ 306 จ/27 (อาคาร 6) หลังจากได้รับคัดเลือกเป็นโรงเรียนดีเด่นขนาดใหญ่ของ กรมสามัญศึกษา
พ.ศ.2534 กรมสามัญศึกษา อนุมัติงบประมาณให้ก่อสร้างอาคารเรียนแบบ 318 ค. 18 ห้องเรียน 1 หลัง แทนอาคารเลิดสิน 2 ชั้น 12 ห้องเรียน (อาคาร 1) ที่ขออนุญาตรื้อถอนไปเพราะชำรุดทรุดโทรม (อาคาร 1) และปีนี้กรมสามัญศึกษาอนุญาตให้รับนักเรียนชายหญิงแบบสหศึกษาในระดับมัธยม ศึกษาตอนต้น
พ.ศ.2536 กรมสามัญศึกษา อนุมัติงบประมาณให้ก่อสร้างอาคารเรียนแบบ 318 ค. 18 ห้องเรียน 1 หลัง (อาคาร 4) นอกจากนี้ทางโรงเรียนยังได้ขอ งบประมาณมาถมสนามฟุตบอล และหาเงินบริจาค สร้างหอถังจ่ายน้ำมีนบุรี คณารักษ์ ศาลาเกิดหนุนวงศ์ ปรับปรุงห้องปฏิบัติการทางภาษาและห้องคอมพิวเตอร์
พ.ศ.2537 ก่อสร้างอาคารพิพิธภัณฑ์กาญจนาภิเษกโดยบริจาคจากผู้มี จิตศรัทธา จำนวน 3,392,511.39 บาท (สามล้านสามแสนเก้าหมื่นสองพันห้าร้อยสิบเอ็ดบาทสามสิบเก้าสตางค์)
พ.ศ.2540 กรมสามัญศึกษาอนุมัติงบประมาณให้สร้างอาคารเรียนแบบพิเศษ 424 สี่ชั้น (อาคาร 5)
พ.ศ.2542 ทำพิธีเปิดอาคารพิพิธภัณฑ์กาญจนาภิเษก ซึ่งได้เริ่มทำการ ก่อสร้างในสมัยของนายสำเนา แสงมณี ผู้อำนวยการโรงเรียนในขณะนั้น และนายสุนทร ธาราดล อดีตผู้อำนวยการโรงเรียน ดำเนินการก่อสร้างต่อจนเสร็จ โดยได้รับการอนุเคราะห์จากพระครูมีนบุรีคณารักษ์ เจ้าอาวาสวัดราษฎร์ศรัทธาธรรม และพระครูวิมลวิหารกิจ เจ้าอาวาสวัดลาดปลาเค้า กระทำพิธีเปิดเมื่อวันที่ 4 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2542 มีนายโกวิท วรพิพัฒน์ อดีตปลัดกระทรวงศึกษาธิการเป็นประธานพิธีเปิด